KEAMANAN KOMPUTER

1.         Digital rights management

Digital Rights Management atau manajemen hak digital dalah hiponim yang merujuk kepada teknologi pengaturan akses yang digunakan oleh para penerbit atau pemegang hak cipta untuk membatasi penggunaan suatu media atau alat digital. Istilah ini juga dapat diartikan sebagai pembatasan terhadap bagian tertentu dari suatu karya atau alat digital. Secara luas, DRM saling tumpang tindih dengan perangkat lunak proteksi salinan (copy protection), namun istilah DRM biasanya digunakan untuk media kreatif (musik, film, dan lain-lain) sementara istilah proteksi salinan cenderung digunakan untuk mekanisme proteksi salinan di perangkat-perangkat lunak komputer.

Cara kerja DRM sukup simpel,DRM menggunakan enkripsi dengan bentuk sebuah tanda digital. Tanda tersebut seperti stempel yagn unik, memberitahu perangkat atau sistem operasi untuk dapat memainkannya atau tidak.
Jika perangkat atau sistem operasi pada komputer desktop atau laptop komputer anda tidak bermasalah dengan tanda tersebut pada file, maka file tersebut tidak dapat digunakan atau anda tidak bisa menginstall software tersebut.

Sebagai contoh ketika kita akan membuat copy dari file DVD dan hal tersebut tidak dapat kita lakukan padahal DVD tersebut dapat berjalan pada DVD player dan komputer , hal tersebut disebabkan oleh apa yang disebut DRM. DRM dapat memblokir sesuatu seperti ebook pada device selain dari ebook reader anda. hal ini dapat mencegah sesorang agar tidak membajak CD atau mengkorversi file audio dari satu format ke format yang lain. Atau juga dapat mencegah penginstalan software (seperti games) pada banyak komputer.

Asal muasal DRM dimulai pada tahun 70-an, hal seperti ini masih belum menjadi masalah. Saat itu, komputer yang kita kenal sekarang hanyalah berupa mesin-mesin besar yang bisa digunakan sekaligus oleh banyak pengguna dan terdiri dari komputer mini serta sejumlah mainframe. Untuk setiap sistem komputer yang besar, biasanya ada orang-orang tertentu yang akan mengurusi semua data-data pribadi mereka. Nah, setiap data-data tersebut biasanya bisa diakses oleh siapa saja. Saat kita mengakses, yang kita maksud adalah kegiatan seperti membaca data tersebut, mengganti data tersebut, menjalankan data tersebut dan bahkan sampai dengan tindakan menghapus data tersebut. Pada komputer yang lebih canggih, data-data tersebut bisa diatur sedemikian rupa sehingga hanya bisa diakses oleh orang-orang tertentu saja.

Seiring dengan berjalannya teknologi, para developer pun mulai menciptakan teknologi yang bisa membantu mereka mengatur agar data-data yang ada hanya bisa diakses oleh orang-orang tertentu yang memang memiliki kuasa saja. Seiring berjalannya waktu, ternyata kebanyakan data-data software tidak cukup hanya dimasukkan ke dalam sebuah floppy disk saja. Di saat itu, muncullah generasi baru yang menggunakan CD sebagai media penyimpanan data baru dengan kapasitasnya yang cukup besar, yakni bisa mencapai 800MB. CD Rom pun terus berkembang menjadi media yang paling banyak dikenal masyarakat sekarang ini untuk distribusi software-software. Para developer dan publisher pun mulai mencari cara untuk menjaga agar software mereka ini tidak bisa dibajak. Mulai dari pemberian pesan peringatan (dulu dikenal dengan sebutan guiltware atau scareware), memberikan ID key yang ditempelkan di kotak CD (dikenal dengan sebutan naziware) sampai dengan penggunaan dongles, sebuah perangkat peralatan yang digunakan untuk mengenali software yang digunakan dan dipasangkan langsung di port untuk printer yang ada di belakang CPU.

Sedangkan dalam bidang internet pada era tahun 1980-an saat itu sedang dikenal teknologi Local Area Network, dengan mulai dikenalnya teknologi baru ini, sebuah kemungkinan untuk melakukan cara pembajakan baru pun mulai terbuka. Apabila dulu kita bisa melakukan duplikat dengan cara menduplikat isi floppy disk, maka pada saat itu, orang-orang bisa langsung menduplikat software yang ada tanpa perlu susah-susah, langsung dari komputer utama yang berada dalam jaringan LAN. Untuk itulah, para distributor software berusaha keras menciptakan sebuah peralatan yang bisa membantu mengawasi lisensi software yang ada di ribuan user langsung dalam satu perusahaan.

Tidak lama kemudian, muncul lagi gagasan untuk mengendalikan akses terhadap semua file-file digital yang ada dengan menggunakan cara enkripsi (encryption). Cara kerja encryption ini ialah menggunakan kata sandi atau password. Jadi, untuk bisa membuka sebuah software, maka kamu harus mengetahui terlebih dahulu apa kata sandinya, barulah kamu bisa membuka file tersebut. Pada saat yang bersamaan, muncul juga sejumlah program yang bisa membantu para vendor software ini untuk melindungi aset mereka yang sangat berharga ini. Tapi sayang, beberapa program di antaranya tergolong lemah dan mudah sekali untuk ditembus.

Memasuki tahun 1990-an, muncul sebuah aplikasi baru yang pada saat itu cukup terkenal dan dikenal sebagai Font. Pada pertama kali diperkenalkan, harga Font ini cukup mahal (bica mencapai ratusan dolar untuk satu Font). Di awal tahun 90-an, Font ini mulai didistribusikan pada setiap CD-Rom yang ada. Dua perusahaan vendor software yang cukup ternama waktu itu, InfoSafe dan CDMax, langsung menanggapi hal ini dengan membuat sebuah teknologi yang fungsinya untuk mengenkripsi file yang ada di CD-Rom. Syarat untuk bisa membuka file ini adalah harus memiliki kunci untuk proses dekripsi dan tentu saja untuk mendapatkan kunci tersebut, user harus mengeluarkan uang. Di waktu itu, sebenarnya internet sudah mulai menjadi salah satu media yang paling banyak digunakan oleh masyarakat. Tapi baru mulai tahun 1994, para publisher dan developer menyadari ancaman pembajakan yang mulai menghampiri semua produk mereka. Untuk menghadapi masalah tersebut, tiga proses pengembangan pun dilakukan dalam kurun waktu dua tahun semenjak tahun 1994. Dua dari sistem DRM yang cukup ternama ini muncul dari perusahaan yang bergerak di bidang komersial. Yang pertama adalah infoMarket dari IBM dan sebuah sistem dari sebuah perusahaan baru, Electronic Publishing Resources (EPR). Sistem yang dimiliki oleh IBM ini (infoMarket), merupakan kombinasi dari dua sistem yang berbeda, yakni sebuah teknologi untuk mengendalikan hak cipta produk serta distribusi yang disebut sebagai Cryptolope. Mungkin Kotakers bisa menebak kepanjangan dari Cryptolope ini. Ya, Cryptolope meminjam kata envelope (amplop) yang menggunakan proses enkripsi untuk menjaga agar konten yang ada tidak bisa diakses oleh mereka yang tidak memiliki hak akses. Sedangkan teknologi yang satu lagi adalah sekumpulan software yang memungkinkan para user IBM untuk menciptakan pangsa pasar tersendiri di internet untuk mendistribusikan isi dari produk tersebut. Beda halnya dengan IBM yang hanya mengandalkan software saja, EPR justru lebih condong menggunakan sistem yang mengandalkan hardware. Dikabarkan bahwa untuk semua hasil riset mereka itu, mereka menggelontorkan dana sebesar US$25 juta untuk proses riset dan pengembangan demi menciptakan teknologi ini. Tidak lupa juga mereka langsung mematenkan teknologi ciptaan mereka ini. Sayang, kedua teknologi ini tergolong kurang begitu sukses. Meskipun demikian, sebagian kecil teknologi dari apa yang mereka kembangkan masih digunakan sampai sekarang. Sebagian kecil dari infoMarket masih tetap ada sampai saat ini dan EPR mengembangkan teknologi miliknya dari bentuk hardware menjadi software dan menamakan diri mereka InterTrust, salah satu nama yang sangat terkenal di dunia DRM sekarang ini.

2.Kasus Keamanan Pada DRM

Pada tahun 1996, bermunculan banyak sekali pencipta DRM yang berusaha untuk mencoba peruntungan mereka. Kebanyakan dari mereka selalu berusaha untuk menciptakan teknologi yang bisa diimplementasikan di berbagai komputer pada umumnya serta di internet. Mungkin yang bisa menjadi pengecualian disini hanyalah Wave Systems yang menciptakan sebuah prosesor yang dinamakan EMBASSY. Dalam prosesor ini, terdapat sebuah DRM yang sudah dipasangkan di dalamnya. Tapi sayang, teknologi ini juga tidak terlalu banyak menuai sukses. Walau begitu, ada banyak pembuat periferal komputer yang menggunakan chip tersebut untuk dipasangkan ke dalam periferal komputer yang mereka buat.

     Keadaan tersebut terus berlanjut hingga sekarang, di mana baik para developer dan publisher masih terus berusaha untuk menamengi produk mereka dengan DRM. Di saat yang bersamaan, para hacker juga masih terus berusaha untuk menjebol DRM yang telah diciptakan tanpa kenal lelah. Sejauh ingatan kami, ada beberapa DRM yang sampai sekarang masih cukup merajalela di dunia game. Ada SecuROM, SafeDisc, LaserLock dan masih banyak lagi. Apabila Kotakers mencoba mencari di google atau situs sejenisnya, Kotakers bisa menemukan sejumlah software yang bisa digunakan untuk memperdayai DRM seperti Daemon Tools, Anti-Blaxx dan Alcohol 120%.

Dari sudut pandang sebuah perusahaan developer dan publisher, sudah tentu penggunaan DRM ini merupakan langkah yang sangat tepat untuk bisa melindungi semua produk-produk mereka yang berharga. Kenapa kami katakan berharga? Karena memang itulah sumber pemasukan mereka yang paling utama. Yah, di samping sebagai pelindung aset utama mereka, mungkin juga mereka memiliki tujuan yang baik, yakni ingin menghentikan segala jenis praktik pembajakan yang ada di dunia. Bagaimana tidak, praktik pembajakan ini praktis telah membuat perusahaan-perusahaan yang bergerak di bidang hiburan seperti game, film dan musik ini ketar-ketir. Sejauh ini, kita mengetahui ada banyak sekali perusahaan yang terpaksa harus mengurangi jumlah pekerja mereka. Atau paling parah adalah mereka harus gulung tikar karena pemasukan yang mereka terima dari apa yang telah mereka kembangkan ternyata kurang memadai.

3.Trend Masalah Keamanan Kedepan dan Bioinformatika

Bioinformatika adalah ilmu yang mempelajari penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasi biologis. Bioinformatika merupakan ilmu gabungan antara ilmu biologi dan ilmu teknik informasi (TI). Pada umumnya, Bioinformatika didefenisikan sebagai aplikasi dari alat komputasi dan analisa untuk menangkap dan menginterpretasikan data-data biologi. Ilmu ini merupakan ilmu baru yang yang merangkup berbagai disiplin ilmu termasuk ilmu komputer, matematika dan fisika, biologi, dan ilmu kedokteran , dimana kesemuanya saling menunjang dan saling bermanfaat satu sama lainnya. Ilmu bioinformatika lahir atas insiatif para ahli ilmu komputer berdasarkan artificial intelligence. Mereka berpikir bahwa semua gejala yang ada di alam ini bisa dibuat secara artificial melalui simulasi dari gejala-gejala tersebut. Berbagai kajian baru bermunculan, sejalan dengan perkembangan TI dan disiplin ilmu yang didukungnya. Aplikasi TI dalam bidang biologi molekul telah melahirkan bidang Bioinformatika. Kajian ini semakin penting, sebab perkembangannya telah mendorong kemajuan bioteknologi di satu sisi, dan pada sisi lain memberi efek domino pada bidang kedokteran, farmasi, lingkungan dan lainnya.

bioinformatika mencangkup ruang lingkup yang sangat luas dan mempunyai peran yang sangat besar dalam bidangnya. Bahkan pada bidang pelayanan kesehatan Bioinformatika menimbulkan disiplin ilmu baru yang menyebabkan peningkatan pelayanan kesehatan. Bioteknologi modern ditandai dengan kemampuan manusia untuk memanipulasi kode genetik DNA. Berbagai aplikasinya telah merambah sektor kedokteran, pangan, lingkungan, dsb. Kemajuan ilmu Bioinformatika ini dimulai dari genome project yang dilaksanakan di seluruh dunia dan menghasilkan tumpukan informasi gen dari berbagai makhluk hidup, mulai dari makhluk hidup tingkat rendah sampai makhluk hidup tingkat tinggi.

Bioinformatika bukan hanya sekedar bagi seorang ahli biologi yang sedang menggunakan komputer untuk menyimpan dan mengambil data tapi tahap lebih dari itu, dimana komputer merupakan software dalam melakukan penelitian terhadap data biologis, yaitu:

a. Komputer dari sel-sel hidup

Usaha para ilmuwan untuk mengembangkan komputer dari selsel hidup mulai memperoleh hasil. Sejumlah ilmuwan di Universitas Princeton, Amerika Serikat berhasil menumbuhkan bakteri yang dapat bertingkah laku mirip komputer. Bakteri-bakteri tersebut saling merakit satu sarna lain membentuk formasi yang komplek sesuai instruksi yang diberikan pada kode genetiknya.

b. Forensik komputer

Kita tentu biasa mendengar mengenai ujian DNA yang dijalankan ke atas seseorang bagi mengenal pasti keturunan, penyakit dan sebagainya dalam industri perobatan dunia. Begitu juga ujian forensikyang dijalankan ke atas mayat-mayat bagi mengenalpasti pelbagai kemungkinan punca kematian dan faktor-faktor berkaitan.Bagaimanapun, sebenarnya teknologi forensik dalam bidang pengobatan juga kini telah diaplikasikan dalam dunia teknologi pengkomputeran digital yang semakin mencatatkan perkembangan pesat.

c. Bioinformatika berkaitan dengan teknologi database.

Pada saat ini banyak pekerjaan bioinformatika berkaitan dengan teknologi database. Penggunaan database ini meliputi baik tempat penyimpanan database  seperti GenBank atau PDB maupun database pribadi, seperti yang digunakan oleh grup riset yang terlibat dalam proyek pemetaan gen atau database yang dimiliki oleh perusahaan-perusahaan

bioteknologi.

Bioinformatika masih belum dikenal oleh masyarakat luas. Hal ini dapat dimaklumi karena penggunaan komputer sebagai alat bantu belum merupakan budaya. Bahkan di kalangan peneliti sendiri, barangkali hanya para peneliti biologi molekul yang sedikit banyak mengikuti perkembangannya karena keharusan menggunakan perangkat-perangkat bioinformatika untuk analisa data.Sementara di kalangan TI masih kurang mendapat perhatian. Ketersediaan database dasar (DNA, protein) yang bersifat terbukalgratis merupakan peluang besar untuk menggali

informasi berharga daripadanya.Database genom manusia sudah disepakati akan bersifat terbuka untuk seluruh kalangan, sehingga dapat di gali atau diketahui kandidat-kandidat gen yang memiliki potensi kedokteran atau farmasi.

SEJARAH

Bioinformatika pertamakali dikemukakan pada pertengahan 1980an untuk mengacu kepada penerapan ilmu komputer dalam bidang biologi. Meskipun demikian, penerapan bidang-bidang dalam bioinformatika seperti pembuatan pangkalan data dan pengembangan algoritma untuk analisis sekuens biologi telah dilakukan sejak tahun 1960an. Kemajuan teknik biologi molekuler dalam mengungkap sekuens biologi protein (sejak awal 1950an) dan asam nukleat (sejak 1960an) mengawali perkembangan pangkalan data dan teknik analisis sekuens biologi. Pangkalan data sekuens protein mulai dikembangkan pada tahun 1960an di Amerika Serikat, sementara pangkalan data sekuens DNA dikembangkan pada akhir 1970an di Amerika Serikat dan Jerman pada Laboratorium Biologi Molekuler Eropa (European Molecular Biology Laboratory). Penemuan teknik sekuensing DNA yang lebih cepat pada pertengahan 1970an menjadi landasan terjadinya ledakan jumlah sekuens DNA yang dapat diungkapkan pada 1980an dan 1990an. Hal ini menjadi salah satu pembuka jalan bagi proyek-proyek pengungkapan genom, yang meningkatkan kebutuhan akan pengelolaan dan analisis sekuens, dan pada akhirnya menyebabkan lahirnya bioinformatika.

Perkembangan jaringan internet juga mendukung berkembangnya bioinformatika. Pangkalan data bioinformatika yang terhubungkan melalui internet memudahkan ilmuwan dalam mengumpulkan hasil sekuensing ke dalam pangkalan data tersebut serta memperoleh sekuens biologi sebagai bahan analisis. Selain itu, penyebaran program-program aplikasi bioinformatika melalui internet memudahkan ilmuwan dalam mengakses program-program tersebut dan kemudian memudahkan pengembangannya.

CABANG-CABANG YANG TERKAIT DENGAN BIOINFORMATIKA

Dari pengertian Bioinformatika yang telah dijelaskan, kita dapat menemukan banyak terdapat banyak cabang-cabang disiplin ilmu yang terkait dengan Bioinformatika, terutama karena bioinformatika itu sendiri merupakan suatu bidang interdisipliner. Hal tersebut menimbulkan banyak pilihan bagi orang yang ingin mendalami Bioinformatika.

Biophysics
Adalah sebuah bidang interdisipliner yang mengalikasikan teknik-teknik dari ilmu Fisika untuk memahami struktur dan fungsi biologi (British Biophysical Society). Disiplin ilmu ini terkait dengan Bioinformatika karena penggunaan teknik-teknik dari ilmu Fisika untuk memahami struktur membutuhkan penggunaan TI.

Computational Biology
Computational biology merupakan bagian dari Bioinformatika (dalam arti yang paling luas) yang paling dekat dengan bidang Biologi umum klasik. Fokus dari computational biology adalah gerak evolusi, populasi, dan biologi teoritis daripada biomedis dalam molekul dan sel.

Medical Informatics
Menurut Aamir Zakaria [ZAKARIA2004] Pengertian dari medical informatics adalah “sebuah disiplin ilmu yang baru yang didefinisikan sebagai pembelajaran, penemuan, dan implementasi dari struktur dan algoritma untuk meningkatkan komunikasi, pengertian dan manajemen informasi medis.” Medical informatics lebih memperhatikan struktur dan algoritma untuk pengolahan data medis, dibandingkan dengan data itu sendiri. Disiplin ilmu ini, untuk alasan praktis, kemungkinan besar berkaitan dengan data-data yang didapatkan pada level biologi yang lebih “rumit”.

Cheminformatics
Cheminformatics adalah kombinasi dari sintesis kimia, penyaringan biologis, dan pendekatan data-mining yang digunakan untuk penemuan dan pengembangan obat (Cambridge Healthech Institute’s Sixth Annual Cheminformatics conference). Kemungkinan penggunaan TI untuk merencanakan secara cerdas dan dengan mengotomatiskan proses-proses yang terkait dengan sintesis kimiawi dari komponenkomponen pengobatan merupakan suatu prospek yang sangat menarik bagi ahli kimia dan ahli biokimia.

Genomics
Genomics adalah bidang ilmu yang ada sebelum selesainya sekuen genom, kecuali dalam bentuk yang paling kasar. Genomics adalah setiap usaha untukmenganalisa atau membandingkan seluruh komplemen genetik dari satu spesies atau lebih. Secara logis tentu saja mungkin untuk membandingkan genom-genom dengan membandingkan kurang lebih suatu himpunan bagian dari gen di dalam genom yang representatif.

Mathematical Biology
Mathematical biology juga menangani masalah-masalah biologi, namun metode yang digunakan untuk menangani masalah tersebut tidak perlu secara numerik dan tidak perlu diimplementasikan dalam software maupun hardware. Menurut Alex Kasman [KASMAN2004] Secara umum mathematical biology melingkupi semua ketertarikan teoritis yang tidak perlu merupakan sesuatu yang beralgoritma, dan tidak perlu dalam bentuk molekul, dan tidak perlu berguna dalam menganalisis data yang terkumpul.

Proteomics
Istilah proteomics pertama kali digunakan untuk menggambarkan himpunan dari protein-protein yang tersusun (encoded) oleh genom. Michael J. Dunn [DUNN2004], mendefiniskan kata “proteome” sebagai: “The PROTEin complement of the genOME“. Dan mendefinisikan proteomics berkaitan dengan: “studi kuantitatif dan kualitatif dari ekspresi gen di level dari protein-protein fungsional itu sendiri”. Yaitu: “sebuah antarmuka antara biokimia protein dengan biologi molekul”.

Pharmacogenomics
Pharmacogenomics adalah aplikasi dari pendekatan genomik dan teknologi pada identifikasi dari target-target obat. Contohnya meliputi menjaring semua genom untuk penerima yang potensial dengan menggunakan cara Bioinformatika, atau dengan menyelidiki bentuk pola dari ekspresi gen di dalam baik patogen maupun induk selama terjadinya infeksi, atau maupun dengan memeriksa karakteristik pola-pola ekspresi yang ditemukan dalam tumor atau contoh dari pasien untuk kepentingan diagnosa (kemungkinan untuk mengejar target potensial terapi kanker). Istilah pharmacogenomics digunakan lebih untuk urusan yang lebih “trivial” — tetapi dapat diargumentasikan lebih berguna– dari aplikasi pendekatan Bioinformatika pada pengkatalogan dan pemrosesan informasi yang berkaitan dengan ilmu Farmasi dan Genetika, untuk contohnya adalah pengumpulan informasi pasien dalam database.

Pharmacogenetics
Pharmacogenetics adalah bagian dari pharmacogenomics yang menggunakan metode genomik/Bioinformatika untuk mengidentifikasi hubungan-hubungan genomik, contohnya SNP (Single Nucleotide Polymorphisms), karakteristik dari profil respons pasien tertentu dan menggunakan informasi-informasi tersebut untuk memberitahu administrasi dan pengembangan terapi pengobatan. Gambaran dari sebagian bidang-bidang yang terkait dengan Bioinformatika di atas memperlihatkan bahwa Bioinformatika mempunyai ruang lingkup yang sangat luas dan mempunyai peran yang sangat besar dalam bidangnya. Bahkan pada bidang pelayanan kesehatan Bioinformatika menimbulkan disiplin ilmu baru yang menyebabkan peningkatan pelayanan kesehatan.

Contoh-contoh Penggunaan Bioinformatika :
1. Bioinformatika dalam bidang klinis
Bioinformatika dalam bidang klinis sring juga disebut sebagai informatika klinis (clinical informatics). Aplikasi dari informatika klinis ini berbentuk manajemen data-data klinis dari pasien melalui Electrical Medical Record (EMR) yang dikembangkan oleh Clement J. McDonald dari Indiana University School of Medicine pada tahun 1972. McDonald pertama kali mengaplikasikan EMR pada 33 orang pasien penyakit gula (diabetes). Sekarang EMR telah diaplikasikan pada berbagai macam penyakit seperti data analisa diagnosa laboratorium, hasil konsultasi dan saran, foto rontgen, ukuran detak jantung, dll.

2. Bioinformatika untuk identifikasi Agent penyakit baru
Bioinformatika juga menyediakan tool yang sangat penting untuk identifikasi agent penyakit yang belum dikenal penyebabnya. Misalnya saja seperti SARS (Severe Acute Respiratory Syndrome) yang dulu pernah berkembang.

3. Bioinformatika untuk diagnose penyakit baru
Untuk menangani penyakit baru diperlukan diagnosa yang akurat sehingga dapat dibedakan dengan penyakit lain. Diagnosa yang akurat ini sangat diperlukan untuk pemberian obat dan perawatan yang tepat bagi pasien.
Ada beberapa cara untuk mendiagnosa suatu penyakit, antara lain: isolasi agent penyebab penyakit tersebut dan analisa morfologinya, deteksi antibodi yang dihasilkan dari infeksi dengan teknik enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA), dan deteksi gen dari agent pembawa penyakit tersebut dengan Polymerase Chain Reaction (PCR).

4. Bioinformatika untuk penemuan obat
Cara untuk menemukan obat biasanya dilakukan dengan menemukan zat/senyawa yang dapat menekan perkembangbiakan suatu agent penyebab penyakit. Karena perkembangbiakan agent tersebut dipengaruhi oleh banyak faktor, maka faktor-faktor inilah yang dijadikan target. Diantaranya adalah enzim-enzim yang diperlukan untuk perkembangbiakan suatu agent.

Trend Bioinformatika Dunia
Ledakan data/informasi biologi itu yang mendorong lahirnya Bioinformatika. Karena Bioinformatika adalah bidang yang relatif baru, masih banyak kesalahpahaman mengenai definisinya. Komputer sudah lama digunakan untuk menganalisa data biologi, misalnya terhadap data-data kristalografi sinar X dan NMR (Nuclear Magnetic Resonance) dalam melakukan penghitungan transformasi Fourier, dsb. Bidang ini disebut sebagai Biologi Komputasi. Bioinformatika muncul atas desakan kebutuhan untuk mengumpulkan, menyimpan dan menganalisa data-data biologis dari database DNA, RNAmaupun protein tadi. Untuk mewadahinya beberapa jurnal baru bermunculan (misalnya Applied Bioinformatics), atau berubah nama seperti Computer Applications in the Biosciences (CABIOS) menjadi BIOInformatic yang menjadi official journal dari International Society for Computational Biology (ICSB) (nama himpunan tidak ikut berubah). Beberapa topik utama dalam Bioinformatika dijelaskan di bawah ini.

Keberadaan database adalah syarat utama dalam analisa Bioinformatika. Database informasi dasar telah tersedia saat ini. Untuk database DNA yang utama adalah GenBank di AS. Sementara itu bagi protein, databasenya dapat ditemukan di Swiss-Prot (Swiss) untuk sekuen asam aminonya dan di Protein Data Bank (PDB) (AS) untuk struktur 3D-nya. Data yang berada dalam database itu hanya kumpulan/arsip data yang biasanya dikoleksi secara sukarela oleh para peneliti, namun saat ini banyak jurnal atau lembaga pemberi dana penelitian mewajibkan penyimpanan dalam database. Trend yang ada dalam pembuatan database saat ini adalah isinya yang makin spesialis.

Setelah informasi terkumpul dalam database, langkah berikutnya adalah menganalisa data. Pencarian database umumnya berdasar hasil alignment/pensejajaran sekuen, baik sekuen DNA maupun protein. Metode ini digunakan berdasar kenyataan bahwa sekuen DNA/protein bisa berbeda sedikit tetapi memiliki fungsi yang sama. Misalnya protein hemoglobin dari manusia hanya sedikit berbeda dengan yang berasal dari ikan paus. Kegunaan dari pencarian ini adalah ketika mendapatkan suatu sekuen DNA/protein yang belum diketahui fungsinya maka dengan membandingkannya dengan yang ada dalam database bisa diperkirakan fungsi daripadanya. Algoritma untuk pattern recognition seperti Neural Network, Genetic Algorithm dll telah dipakai dengan sukses untuk pencarian database ini. Salah satu perangkat lunak pencari database yang paling berhasil dan bisa dikatakan menjadi standar sekarang adalah BLAST (Basic Local Alignment Search Tool).

Bioinformatika di Indonesia
Di Indonesia Bioinformatika masih belum dikenal oleh masyarakat luas. Di kalangan peneliti sendiri, mungkin hanya para peneliti biologi molekuler yang sedikit banyak mengikuti perkembangannya karena keharusan menggunakan perangkat-perangkat Bioinformatika untuk analisa data. Sementara itu di kalangan TI masih kurang mendapat perhatian.

Saat ini mata ajaran bioinformatika maupun mata ajaran dengan muatan bioinformatika sudah diajarkan di beberapa perguruan tinggi di Indonesia. Sekolah Ilmu dan Teknologi Hayati (http://www.sith.itb.ac.id) ITB menawarkan mata kuliah "Pengantar Bioinformatika" untuk program Sarjana dan mata kuliah "Bioinformatika" untuk program Pascasarjana. Fakultas Teknobiologi Universitas Atma Jaya, Jakarta menawarkan mata kuliah "Pengantar Bioinformatika". Mata kuliah "Bioinformatika" diajarkan pada Program Pascasarjana Kimia Fakultas MIPA Universitas Indonesia (UI), Jakarta. Mata kuliah "Proteomik dan Bioinformatika" termasuk dalam kurikulum program S3 bioteknologi Universitas Gadjah Mada (UGM), Yogyakarta. Materi bioinformatika termasuk di dalam silabus beberapa mata kuliah untuk program sarjana maupun pascasarjana biokimia,biologi, dan bioteknologi pada Institut Pertanian Bogor (IPB). Selain itu, riset-riset yang mengarah pada bioinformatika juga telah dilaksanakan oleh mahasiswa program S1 Ilmu Komputer maupun program pascasarjana biologi serta bioteknologi IPB.